他以非常强硬的态度驳斥了分离主义思潮，1999年9月，出动10万军人，指挥部队从两路进入车臣，对车臣进行封锁和展开军事打击。
经过空中轰炸和地面围剿，大股车臣武装被消灭，俄军几乎控制了车臣全境。但是，车臣剩余的武装化整为零，在车臣内外采取游击战术，频频进行暗杀和恐怖活动。
特别是近两年来，车臣武装分子活动猖獗，不断制造恐怖袭击事件，造成大量人员伤亡和财产损失。
2000年2月初，俄军攻下车臣首府格罗兹尼，取得了平叛行动的决定性胜利。
2000年6月8日，他签署命令，对车臣实行总统直接治理，由总统驻北高加索代表卡赞采夫具体落实。
2000年6月16日，车臣穆夫提、原马斯哈多夫政府反对派卡德罗夫被任命为车臣临时政府首脑。
2001年初，下令将清剿车臣残匪的任务由国防部移交联邦安全局。在车臣成立政府和常设行政机关，任命原斯塔夫罗波尔政府首脑伊里亚索夫为车新政府总理。
这标志着车臣开始从战争状态转入正常状态。
2001年2月起，俄罗斯当局从车臣撤军。
“9・11“事件后，美出于建立全球反恐联盟的需要，在车臣问题上表态明显软化。车臣分裂分子政治上受到沉重打击，军事上无力实施反扑，将制造恐怖袭击视为阻挠车臣和平进程的唯一有效手段。
2002年下半年，车臣恐怖分子活动日益猖獗，多次用导弹击落联邦军用飞机，并制造多起恶性恐怖事件。
2002年10月23日，车臣恐怖分子占领莫斯科一剧院，劫持近800名人质，提出停止车臣战争、联邦军队撤出车臣的要求。俄特种部队26日采取行动，辅以施放麻醉化学气体等手段，在129名人质死亡后，解救出其余全部人质。
2002年12月27日，车臣恐怖分子驾驶两辆载有炸药的汽车冲入车臣政府大楼，致使大楼全部被毁，造成至少83人死亡，百余人受伤。
2003年10月，卡德罗夫正式当选俄罗斯联邦的车臣总统。
2004年5月9日，车臣发生炸弹爆炸，总统艾哈迈德・卡德罗夫被当场炸死。
2004年8月29日，经过总统选举，由阿卢・阿尔哈诺夫出任总统。
2004年9月1日，车臣分离主义武装分子在俄罗斯南部北奥塞梯共和国别斯兰市第一中学制造的一起劫持学生、教师和家长作为人质的恐怖活动，到2004年9月3日事件基本结束。共造成333人遇难。
2005年3月，原车臣总统马斯哈多夫在与俄罗斯的战斗中死亡。
2006年3月4日，艾哈迈德・卡德罗夫之子拉姆赞・卡德罗夫被任命为车臣共和国总理。
2006年7月，强硬的独立派、指挥针对俄罗斯恐怖活动的领导者巴萨耶夫在与俄罗斯联邦安全局的作战中死亡。