荷兰来犯的舰队共有船只一百零一艘，一艘四桅三层炮甲一百零四炮战舰，十艘四桅双层炮甲板七十四炮战舰，十艘五十炮武装商船，二十炮双桅快帆船三十艘，十炮单桅轻快帆船五十艘。
这支舰队火炮总计两千四百四十四门，海员四千零七十人，所载陆战队一千八百五十三人，加上其它人员，总计六千一百九十三人。
这是一支庞大的舰队，甚至比之当年加莱海战时，西班牙的无敌舰队和英国舰队也不逞多让。时隔数十年后，各国的海上力量越发强大，战舰越来越大，火炮越来越强。在东印度的台湾海峡，荷兰人竟然集结了如此一支庞大的海上力量。
不过这也确实有些意外，明军攻占鸡笼，西班牙人投降消息传来，大员的荷兰人立即动员起来，而此时恰好荷兰和英国人组成的联合舰队正在附近，他们正执行封锁中国海的任务，得到明军大举出动，即将进攻大员，他们立即赶到大员，与大员的荷兰人组成了一支强大的舰队，跨海而来。
荷兰人把这支舰队分成了三个分舰队，伊丽莎白舰队，由英国的乔治爵士指挥，五艘英国四桅74炮战舰和十艘二十炮双桅快帆船加上十艘十炮单桅快船组成。
巴达维亚舰队，由范布隆爵士指挥，一艘一百零四炮的三层炮甲板四桅风帆战列舰旗舰，五艘七十四炮战舰，和十艘二十炮双桅快帆船加上十艘十炮单桅快船组成。
大员舰队，由保罗.杜拉弟纽司指挥，十艘五十炮武装商船以及十艘二十炮双桅快帆船，外加三十艘十炮单桅轻快帆船组成。
这个时候，刘钧惊讶于荷兰人舰队强大之时，也迅速的在调动自己的舰队。
他和郑芝龙商议过后，把舰队分成了四支分舰队。
由刘钧亲自统领的北洋舰队，这支舰队以84炮的四桅双层炮甲板的伏波号为旗舰。另有五十炮的四桅武装商船四艘，八炮三桅炮舰两艘，除了这七艘主力战舰外，北洋舰队还有双炮大青头鸟船十艘。双炮赶缯船十艘，快艇小船三十艘。
郑芝龙和郑芝豹各自指挥东海舰队和南海舰队，这两支舰队都各有五艘三桅炮舰，并各有青头、赶缯十艘，另还有发贡炮舰数艘。福船、沙船、快艇等若干。
长江舰队的主力战舰最少，这支由熊文灿指挥的舰队实际上是一支补给舰队，也是一支预备队。
除了这四支舰队外，在澎湖岛上还有岸炮部队，以及马步士兵。
一场庞大的海战即将开始，郑芝龙再次如同在料罗湾海战前一样，向舰队颁下了重重的赏格。
参战者每人给银二两，若战事延长，额外增给五两。每只火船16人，若烧了荷兰船。给六人银二百两，一个荷兰人头给银五十两。
做为此次海战的总指挥，刘钧同样不吝赏赐。