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随驾的钦天监官员预测，未来十天东海上都会是晴好天气，不会有大雨和风暴。这样的天气正适合皇帝的御驾返京。
于是在九月初九这一天重阳节的时候，皇帝的御驾终于在大贩湾港口登上舰船，随行的还有皇家特遣舰队护航。
同时一起将前往中土的，还有无数的运输船。一艘艘三帆甚至四桅的大帆船，满载着一船船的黄金、白银块和铜块，以及大量的人口等一起返京。
征倭大将军刘允升也随驾返京，大部份征倭将士将随后分批撤离日本。
日本总督刘允升将全面接管日本出云和扶桑两省，现在整个日本已经划为八府，西海、山阳、东海、关西四府归出云省辖领，北陆、关东、北海、东山四府为扶桑府。刘允升为日本军区总督兼出云省巡抚，东海舰队第七舰队司令郑联，也晋升为日本提督兼出云省总兵官。
驻扎在日本的驻军，以海军为主，兼调了四协两万陆军分驻两省。
云集于日本的各支海军舰队，也陆续返航。皇帝已经给各舰队新的任务。今后，渤海湾为皇家特遣舰队的防区，其中第五舰队驻防天津，第六舰队驻防旅顺。北海舰队第一舰队驻青岛、第二舰队驻汉城，第三舰队驻耽罗，第四舰队驻海参崴。
而东海舰队第七舰队驻日本，第八舰队驻日本，第九舰队杭州，第十舰队驻福州。
南海舰队第十一舰队驻广州。第十二舰队驻广西北海，第十三舰队驻海南三亚，第十四舰队驻南海新加坡。
至于西海舰队，这支最后建立的舰队，目前只有一艘一级战列舰，二三级的主力战舰也不到十艘。论实力在各舰队中是最弱的，尤其是缺少优秀有经验的船员。这是一支还在磨合中的舰队，这次刘钧交给了他们一个特别任务，让他们下南洋，暂借第十四舰队的母港新加坡，然后渡过马六甲海峡，绕到东吁国的南面沿海，去攻打仰光等地，配合支援北面的南征陆军。
这支西海舰队被裁去了三个舰队番号。目前只保留了十五分舰队，将另三个分舰队的将士充裕到十五分舰队中。这样一来，第十五分舰队也将拥有一艘一级战列舰，另加上四艘二级战列舰和四艘三级战列舰，加上那些三桅的四五六级军舰，也达到近百艘等级舰，实力大增。
帝国海军的防区进行了极大的变动，连同军舰也重新分级。
在原来的六级战舰基础上。又做了些调整。
按新的战舰等级分类规定，只有拥有三层炮甲板的战舰。并且拥有起码九十门炮以上的战舰，才能称为战列舰，按这种新等级划分规定，原来海军中的许多双层炮甲板的三级主力舰，不再划入战列舰之列。