皇上喝完“疟鬼”药方，三天好转，六天能下地，龙颜大悦， 急招王叔和，就殿前下诏，提升王叔和为太医院首席太医，并统领都城抗疫。
王叔和力辞，郑重地劝皇上收回成命，“当此全国瘟疫漫延，都城尤其猖獗，临阵换将，尤为不妥。”
魏臣道，“疟鬼未去，疠鬼又来，这可如何是好？医者应当胸怀天下，对上效忠皇上，对下拯救苍生，解民于水火。”然后目光炯炯有神地望着他说“你就不用推辞了吧。”
王叔和转身望着白术，又看了看皇上说，“其实白太医令在瘟疫面前高瞻远瞩，高度及时，指挥得法，所以皇上的病情随即迅速好转，都城瘟疫得以阻滞，受嘉奖的应该是白太医令啊！”
白术眼见皇上并没有应腔，上前一步抱拳回敬王叔和，也是说给皇上和众大臣听的，“瘟疫阻滞全赖皇恩浩荡，抗疫及太医院本职工作，无须夸奖。”
魏臣观察着皇上并没有表情，急忙补上去，绕开话题，“王太医，疟鬼未去，疠鬼又来，你有何良方？”
王叔和回答说，“疠，历也，乃癞病，病气流行，中人如磨历伤物也。”
皇上问，“听说各种瘟疫都互相传染，大人小孩无一例外，除了常规治疗以外，如何防止传染？”
王叔和的观点是，“防止各种瘟疫互相传染，要增强体质，这样才能从根本上抵抗邪气入侵。这些“气”统统是人类染病患疾的根源同时，还要避开异气、杂气、戾气、疠气、疫气等邪气，不让邪气进入体内。”
众人听得目瞪口呆，上上下下一头雾水，王叔和摇摇头继续解释道，“必须得在全城焚烧艾香熏跑邪气， 在阴沟、静水池、暗渠里抛洒石灰，驱赶邪气”。
皇上立即再下一道圣旨，命令王叔和遍招天下医者汇集都城，共商抗疫大计，同力抗疫。
朝阳观的三空道长被请到了都城。由三空道长开始对皇上讲解发生瘟疫的原因，他说：疾病是人祸，病苦为人生的“八苦”之一，具有因果报应的含义，人体由“地、水、火、风”四大元素构成物质基础，“色、受、想、行、识”这“五蕴”则统合身心。因此，在疾病的治疗方面，一方面要从因果的角度，反省忏悔往昔的恶业，改恶从善，在因地上断绝使人患病的种种因素；另一方面要从“四大”“五蕴”入手，开展具体的治疗工作。对瘟疫这种不善“共业”（即众人共同的经历），也须如此。
如果把造成人生苦难的原因归之于自身，认为一些看似无法控制也无法改变的客观现象实则是人们可控的主观原因引发的，因而对人们因疾疫而带来的，对未来的恐惧不安具有一定缓解作用，对那些罹患疫情、几乎无生还希望的病人，除了“深加痛惋，留止不忍去”，更是“敛死抚生，恩加骨肉”，予以亲人般的救治。
三空道长还在都城设坛敬天，诵经祭地、施符断苦、禅定救赎、医药祛病等方法治疗疫病，以神通感应，获得神水治疗疾疫，王公贵族及平民百姓通过诵经、念佛等佛教修持方法，使自己或亲人疾病痊愈。