清军此时还没入关，冯铨自然不会想着现在就去投靠清廷，因此这十几年来他一直都在谋求复出，希望重新回到朝堂，虽然闲居了十七年了，他今年也不过才四十七岁而已，正是大明官员的黄金年龄。
冯铨眼光长远，谋定而后动，平时悠游林下，做出一副对朝局漠不关心的态度，其实一直在等待机会。俗话说机会是留给有准备之人的，他很快就等到了一个绝好的机会。
崇祯二年己巳之变，清军绕过山海关直扑京畿地区，北京以及周边地区陷入巨大的混乱中，冯铨首先发动相亲捐资助向，又亲自率领乡勇、家丁守卫涿州城，确保了桑梓之地不失。正巧又遇到朝廷从佛朗机手里购买的红衣大炮从澳门运抵北京，走到涿州时恰逢清军入关，由于有后金骑兵经常出没，运送队伍不敢再往前走了。大炮停在涿州城外，随时有被清军打劫的风险，冯铨得知此事之后就亲率家丁出城自愿充当护炮卫队，趁清军出现防守漏洞把这一批炮平安地送到了北京。
有了这样两件大功，加上朝中臣僚又从中助力，冯铨满以为能翻案，然而崇祯却给了当头一棒，只同意恢复他的士绅身份，连见都不想见他一面。
冯铨乘兴而来败兴而归，只得悻悻地回到家里继续闲居。
冯铨虽然没有达成目的，但他并不气馁，他知道崇祯的性格，他表面上义正言辞，其实耳根子很软，经常被人误导。他的执政思想也并不稳定，经常前后矛盾。比如他早年对厂卫和太监严防死守，坚决不允许他们干预朝政，但到了现在大明内外到处都是守备太监、监军太监、提督太监，而且手握重兵，跟天启朝相比有过之而无不及。对待厂卫也是，虽然登基的前几年顺应民意圈禁了厂卫，但现在东厂和锦衣卫也已经恢复如初了。
让他意想不到的是崇祯虽然对太监和厂卫都食言而肥，在对待阉党上面却十分固执，十七年来态度都没有丝毫改变，仍然不肯原谅他们，冯铨能恢复士籍身份已经是莫大的哀荣了。阮大铖、王永光、吕纯如、孙之獬等人直到现在还是民籍，连做官的资格都没有。
冯铨虽然不能做官，却也没有闲着，早年在宫中也闯出了很大的名声，就算不做官一样可以影响朝廷，他和司礼监大太监曹化淳关系十分要好，曹化淳退休之后，王承恩、王德化、王化民等人依然和他关系密切，因此，宫中一有什么风吹草动，他第一时间就能知晓。
崇祯十年，温体仁和复社的那场乱斗，冯铨也深度参与了，解救钱谦益就是其中的一个小成果。
之后，他又接受吴昌时、张溥等人的邀请，把亲家周延儒扶到首辅的宝座上，然而周延儒当了首辅之后，要还的人情实在太多，索性赖账了。冯铨见他不听话时又把他从首辅的宝座上拉下来换上魏藻德。
他正在筹谋让魏藻德和陈演联手组建新的阉党参与竞选时，钱谦益和王应熊找上们来了，提出要和他合作，先把刘慧明赶走。